Diante da empreitada bem sucedida no Rio de Janeiro, Mure e seus colaboradores pensam em expandir a propaganda da Homeopatia a outros estados através de emissários. Os consultórios populares que surgiam no Rio e em outros estados eram abertos com a fortuna pessoal de Mure.

Em 1847, é inaugurada a Sociedade Homeopathica Bahiana, filial do Instituto Homeopático. No final deste mesmo ano, é a vez de do Hospital Homeopático. A inauguração teve a chancela do médico Duque Estrada – que mais adiante autorizou a publicação de panfletos divulgando a homeopatia no combate a cólera. O saber homeopático ganhava os postes das ruas do Rio de Janeiro e São Paulo.

Com a saúde abalada, devido à  reativação da tuberculose pulmonar, o médico pede exoneração do cargo de diretor da Escola Homeopática. Outro médico, Vicente Amorim, assume o posto, e Mure deixa o Brasil em abril de 1848.  Depois da partida de Mure surgem novas organizações homeopáticas, como  a "Sociedade Hahnemanniana" e a "Academia Médico-Homeopática". Benoit Mure falece em 1858 no Cairo.